一、如何认定提供虚假证明文件罪的犯罪主体
第一，本罪犯罪主体包括自然人和单位。根据刑法第二百二十九条第一款规定，承担资产评估、验资、验证、会计、审计、法律服务、保荐、安全评价、环境影响评价、环境监测等职责的中介组织的人员故意提供虚假证明文件，构成提供虚假证明文件罪，可以判处五年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金。本罪的主体包括自然人和单位，即中介组织及其工作人员，是否公务员编制或事业编制，抑或非事业编制，不是本罪的构成要件，只要是从事资产评估、验资、验证、会计、审计、法律服务等职责的人员，就符合本罪主体特征。因此，司法局下属公证处公证员（事业编制）或评估人员符合提供虚假证明文件罪的犯罪主体。
第二，未取得从业资格证的人员可作为本罪的犯罪主体。
本罪的主体是具有一定身份的特殊主体，即承担资产评估、验资、验证、会计、审计、法律服务、保荐、安全评价、环境影响评价、环境监测等职责的中介组织的人员，并不要求人员具备行政法规要求的相关从业资格。
虽然按照行政法的规定，承担资产评估、验资、验证、会计、审计、法律服务等职责的人员必须是具有相应资质的人员，否则作出的相应证明文件是无效的。但是，法院认为，提供虚假文件的人虽然不具有相应的资质，但受委托从事了评估师、注册会计师或审计师的工作，所出具的证明文件，同样具有法律效力。因此，这些人亦可构成本罪的主体。本案中，被告人岳永某虽不具有注册会计师的资格，但其系会计师，其借用烟台B有限责任会计师事务所的名义出具的烟台市甲公司和烟台乙公司的审计报告，具有法律效力，故被告人岳永某构成本罪的主体。
二、自行开展环境影响评估的建设单位能否作为提供虚假证明文件罪的犯罪主体
根据环境影响评价法和《建设项目环境保护管理条例》的规定，环境影响评价的主体除环境影响评价的中介组织外，还包括具有环境影响评价技术能力的建设单位。后者也可以自行开展项目环境影响评价。但是，无论是两高解释，还是修正案，均未对自行开展环境影响评价建设单位的刑事责任作出规定。
而按照环境影响评价法和环境影响评价改革的思路，建设单位才是环境影响评价的第一责任主体。《环境影响评价法》第二十条明确规定，建设单位应当对建设项目环境影响报告（表）的内容和结论负责，接受委托编制建设项目环境影响报告书（表）的技术单位承担相应责任。
因此，刑法修正案（十一）规制的仅是环境影响评价工作中部分评估主体。当然，建设单位自行开展环境影响评价的情况并不多见，绝大多数建设单位会委托专业的环境影响评价机构编制环境影响评价文件。因此，实践中暂时不会有太大问题。不过刑法修正案（十一）的规定是否可能会对未来的环境影响评价文件编制模式带来实质性的影响，目前尚未可知。
三、如何处理环境影响评价机构“造假”行为的行政责任与刑事责任衔接
从环境影响评价法规定的行政处罚看，环境影响评价“造假”是指建设项目环境影响报告书（表）存在基础资料明显不实，内容存在重大缺陷、遗漏或者虚假，环境影响评价结论不正确或者不合理等严重质量问题。追究刑事责任时，原则上可以将上述情形认定为“故意提供虚假证明文件”或“出具的证明文件有重大失实”。当然，“情节严重”的认定标准，还有待明确。
此外，刑法修正案（十一）将在涉及公共安全的重大工程、项目中提供虚假的环境影响评价文件，致使公共财产、国家和人民利益遭受特别重大损失的，作为五年以上十年以下有期徒刑的适用情形。
具体何为“涉及公共安全的重大工程、项目”？何为“致使公共财产、国家和人民利益遭受特别重大损失”？一般情况下，对环境影响评价文件“造假”后果的表述，通常是指“严重破坏生态环境”，而非直接指向公共财产、国家和人民利益的损失。因此，行政处罚与刑事责任之间，还需要合理转化、衔接。
四、如何认定环境监测机构“造假”
对环境监测机构造假行为，刑法修正案（十一）没有使用“弄虚作假”“篡改、伪造监测数据”等环境监测工作中的通常表述，而是规定为“故意提供虚假证明文件”或者“出具的证明文件有重大失实”。这一表述，主要是为了与刑法第二百二十九条原先的罪状表述相协调。问题是，环境监测弄虚作假，未必完全体现在监测报告中。
实践中，原环境保护部于2015年发布的《环境监测数据弄虚作假行为判定及处理办法》中规定的部分环境监测数据弄虚作假行为，并不体现在监测报告中。例如，采用人工遮挡、喷淋等手段，干扰采样口或周围局部环境的，是否可以直接认定为故意提供虚假的监测报告或者提供的监测报告严重失真？此外，从事环境监测设备运营维护的机构，本身并不出具环境监测报告，如何以提供虚假证明文件追求其刑事责任？这些问题，有待进一步明确。
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